Středočeské muzeum patří mezi nejmladší regionální muzea. Jeho založení předcházelo mnohaleté úsilí dobrovolných vlastivědných pracovníků, které  vyústilo nejprve ve vytvoření  Vlastivědného  odboru při  Osvětové besedě v roce1953 a o dva roky  později v otevření Vlastivědné muzejní síně

v Tichém údolí v Roztokách.

Kromě získávání  muzejních  předmětů a vytváření  podmínek  pro  jejich  zpracování a uložení rozvinul Vlastivědný odbor bohatou činnost osvětovou, jeho členové spolupracovali s širokým okruhem dobrovolných  pracovníků  i s odbornými institucemi v  oblasti památkové  péče a ochrany přírody. Součástí programu se stal i  velkorysý záměr na záchranu chátrajícího roztockého zámku, v té době užívaného státní statkem.

Na základě uvedených aktivit bylo z rozhodnutí Okresního národního výboru Praha - západ zřízeno ke dni 1. 8. 1957  Okresní vlastivědné muzeum se sídlem v  zámku  v  Roztokách u Prahy. Jeho řízení a správu zpočátku vykonával Vlastivědný odbor Osvětové besedy. Období let 1957 - 1961 bylo věnováno intenzivnímu budování nové organizace, především zajištění generální rekonstrukce zámku

a úpravě okolí.

Poprvé mohly být zámecké prostory zpřístupněny veřejnosti v roce 1961. Po několika letech usilovné práce zde v polovině 60. let již působilo vlastivědné muzeum, které mělo vytvořené základní prostorové podmínky, zpřístupněné expozice a rozvíjelo odbornou i kulturně výchovnou činnost.

V roce 1963 bylo muzeum delimitováno pod Středočeský KNV a stalo  se z něj vedle dalších pěti muzeí  v kraji Oblastní muzeum. Rozšířila  se  tím  jak  jeho  působnost, tak i další možnosti rozvoje. Ve své odborné činnosti se zaměřilo na dokumentaci a prezentaci přírodních poměrů, pravěku, historie a současnosti pražského okolí, dále plnilo funkci střediska muzejní a vlastivědné práce. Další změnu v postavení muzea v rámci muzejní sítě i v zaměření jeho činnosti přinesl rok 1975, kdy se muzeum stalo jedinou krajskou muzejní organizací. Od tohoto roku nese název Středočeské

muzeum.

Vedle statutárních změn mělo pro vývoj muzea v 2. polovině 70. let značný význam získání objektů areálu Braunerova mlýna, kam po dokončení stavebních oprav v roce 1981 přesídlilo z areálu zámku ředitelství muzea, vznikla zde nová odborná a administrativní pracoviště, depozitáře a nové laboratoře pro konzervaci sbírek.

Z důvodu stále rostoucích prostorových nároků na ukládání rozšiřujících se sbírkových fondů, zejména archeologických, vzniklo v 90. letech detašované pracoviště muzea v areálu bývalého statku v Libčicích nad Vltavou. Rekonstrukcí stávajících objektů a dostavbou  nové budovy  (v letech

1998 – 2004)  zde  vznikly depozitáře a potřebné pracovní i provozní zázemí.

Od 1. 10. 2001 je zřizovatelem muzea Středočeský kraj.

Areál roztockého zámku svědčí o bohaté historii a  složitém stavebním vývoji. Koncem 13. nebo počátkem 14. století vznikla na vltavském břehu tvrz. V kruhové hradbě  stála  hranolová věž,  jejíž  základy  jsou  vyznačeny v dlažbě nádvoří. Na sklonku 14. století dali pražští měšťané, bratři Eberhard a Reinhard z Remeše, postavit na  místě starší  hradby nový palác s  kaplí, sevřený dvěma   věžemi.

Z kaple  se dodnes dochoval arkýř. Na přelomu 16. a 17. století nechali rytíři Boryňové ze Lhoty přestavět tvrz na renesanční zámek, který byl upraven  v 18. století do dnešní podoby. Po celém obvodu nádvoří byly dobudovány arkády, nad arkýř vztyčena vížka a vznikl dodnes zčásti  zachovaný  hospodářský   dvůr  se sladovnou,  stodolou  a  stájemi  v předzámčí. Od 19.  století vyrůstal anglický park se vzácnými a cizokrajnými stromy.

V letech 1965 - 1974 byly do areálu přeneseny sochy ze 17. - 19. století  a v zámeckém parku byla osazena díla sochařky Hedviky Zaorálkové. Středověkou tvrz připomíná  příkop, kladky a závaží  původního svoditého  (padacího)  mostu  u brány, v nádvoří kamenná ostění.  Stavební úpravy areálu zámku pro potřeby muzea  se  realizovaly koncem 50. a v  průběhu 60. a 70. let.

V současné době se připravuje nová rekonstrukce zámku, poškozeného povodní v létě 2002, a nová historická expozice.

Objekt   je   pod   starším   názvem  "Malý  mlýn"  zmiňován  počátkem 18. století, kdy  měl  podobu  zděného  jednopatrového  stavení  s prkenným štítem a mansardovou  střechou,  jak  jej  zachytil roku  1840  na reprodukovaném  obraze "Pohled na Roztoky od Vltavy" v roce 1840 pražský malíř Dominik Jan Kottula.

Roku 1861 zakoupil mlýn pražský advokát a významný český politik František August Brauner. Své dětství a mládí tu prožívala jeho dcera -  malířka, grafička a knižní výtvarnice Zdenka Braunerová. Po otcově smrti starý mlýn přestal sloužit svému původnímu účelu a byl přestavěn na letní rodinné sídlo. Jeho minulost připomíná už jen náhon a na vrcholu štítu  mlýnské  kolo  sevřené  dráčky,  které 

navrhla Z. Braunerová.

Pro potřeby muzea byl objekt stavebně upraven koncem sedmdesátých let 20. století. Novou stavební obnovou mlýn prošel po povodni, která ho zasáhla v roce 2002.

Malířka, grafička a knižní výtvarnice Zdenka Braunerová si v letech 1903 -1904 vybudovala v sousedství Braunerova mlýna ateliér. Ve vlastním návrhu se inspirovala anglickými venkovskými domy (cottage). Velké okno osvětlovalo prostorný ateliér, k němuž přiléhal menší salon s krbem, nad ním byla v podkroví místnost otevřená do ateliéru. Interiér naplnila umělkyně nejen svými obrazy,  ale

i nábytkem, starožitnostmi, lidovými výšivkami, keramikou a podmalbami na skle.

Vytvořila tak neopakovatelné prostředí, do něhož na přátelskou návštěvu zavítaly mnohé významné osobnosti domácího i evropského kulturního a uměleckého života. Koncem sedmdesátých let budovu zakoupilo od Marie Trnkové-Trösterové Středočeské muzeum. Rozsáhlá rekonstrukce objektu, uspíšená poškozením za povodně v roce 2002, uvedla ateliér do původního vzhledu. Uvnitř vznikl na základě písemné a obrazové dokumentace dobový interiér s využitím  kolekce obrazů a předmětů z pozůstalosti umělkyně a ze sbírek muzea. Rekonstrukce ateliéru Zdenky Braunerové a expozice života a díla umělkyně byly poctěny Národní cenou Gloria musaealis za Muzejní počin roku 2005.